Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) είναι επταμελές και αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και πέντε (5) μέλη, που διορίζονται – με τριετή θητεία που μπορεί να ανανεώνεται με απόφαση του Υπουργού Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη, μετά από επιλογή από επιστήμονες και προσωπικότητες με κύρος και εμπειρία σε θέματα σχετικά με τους σκοπούς του ΚΕ.ΜΕ.Α.
Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελεί το ανώτατο όργανο διοίκησης του ΚΕΜΕΑ και αποφασίζει για κάθε θέμα που σχετίζεται με τη διοίκηση και λειτουργία, τη διαχείριση της περιουσίας και τη διάθεση των πόρων του ή με την εκπλήρωση των σκοπών αυτού.
Ειδικότερα:
• Καθορίζει τη στρατηγική και τις ειδικότερες δράσεις
• Εποπτεύει, ελέγχει και κατευθύνει τους τομείς του
• Εγκρίνει τον ετήσιο προϋπολογισμό, ισολογισμό και απολογισμό πριν την υποβολή του στον Υπουργό Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη
• Προτείνει, ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή, την πρόσληψη του αναγκαίου ειδικού επιστημονικού προσωπικού
• Εγκρίνει την ετήσια έκθεση πεπραγμένων, η οποία υποβάλλεται στον Υπουργό Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη
• Αναθέτει σε επιστημονικούς φορείς και μεμονωμένους επιστήμονες, του εσωτερικού ή του εξωτερικού με σύμβαση μίσθωσης έργου, την πραγματοποίηση ερευνών ή εργασιών για θέματα που σχετίζονται με την αποστολή του ΚΕΜΕΑ
• Αποφασίζει για την αποδοχή ή αποποίηση κάθε είδους επιχορηγήσεων, δωρεών, εισφορών τρίτων, κληρονομιών και κληροδοσιών
• Καθορίζει το ύψος της αποζημίωσης για την παροχή υπηρεσιών του ΚΕΜΕΑ
Tα μέλη του Δ.Σ. είναι ελευθέρως ανακλητά και η αντικατάστασή τους, για το υπόλοιπο της θητείας, γίνεται με την ίδια διαδικασία.
Το Δ.Σ. συνεδριάζει τακτικά τουλάχιστον 2 φορές κάθε μήνα και έκτακτα όποτε απαιτείται.
